染色标记法在实验室中最常使用，也很方便，常用化学药品涂染动物背部或四肢一定部位的皮毛，代表一定的编号，常用的涂染化学药品有：黄色：3%~5%苦味酸溶液；红色：0.5%中性红或品红溶液；咖啡色：20%硝酸银溶液；黑色：煤焦油的酒精溶液。

标记的方法是用毛笔或棉签蘸取上述溶液，在动物的不同部位徐上斑点(色)以示不同号码。动物染色编号的原则是先左后右，先上后下，如：在鼠的左前腿上为1号，左侧腹部位为2号，左后退为3号，头顶部为4号，腰背部为5号，尾基部为6号，右前腿为7号，右侧腰部为8号，右后退为9号，空白色为10号。如动物编号较多可在动物两个部位分别涂同色，如：双前肢为11号，双后肢为12号，左前左后肢为13号等，反复交错，增加徐色数。此种方法常适用于小鼠、大鼠、家兔、豚鼠等。