在机能学实验中最常选用的哺乳类、两栖类动物有兔、狗、猫、大鼠、小鼠、豚鼠、蛙等。

实验动物的选择首先根据实验的目的和要求、动物的特点（生理特点和对某些药物反应的敏感性）以及一些实际情况（如动物来源如何、饲养管理条件、经费等）。在实验动物的选择上，必须往意三点，即动物的种类、品系和个体差异，如果选用动物不当，会出现与人类药效不符的现象，因此必须选用最适宜的动物进行实验。为了获得理想的实验结果，就要选择健康动物进行实验，动物的健康状态可以从动物的活动情况、外观来加以判断，如狗、猫、兔、大鼠、小鼠等。当动物有病时，常表现为精神不振、行动迟缓、毛发蓬乱无光泽、鼻部皮肤干燥并流鼻水、眼有分泌物等。进行慢性实验时应选择年轻健壮的雄性动物，因年老动物的耐受力差，术后不易恢复，故不大选用。一般在实验前12小时禁食，可饮水。慢性实验应提前数周将动物放到实验室，让动物进行熟悉和适应环境，为实验前做好一切准备工作。实验者术后要耐心细致的观察动物的一切状祝（包括动物的活动及进食情况），最好亲自护理和喂养。